1992、1993年先后获准设立应用地球物理硕士点和固体地球物理学博士点，2004-2006年获得矿产普查与勘探、构造地质学与第四纪地质学硕士点。
学院下设海洋地质系和地球物理系，现有地质学、地球物理学、地球信息科学与技术3个本科专业，拥有海洋科学一级学科博士授权点。本院海洋地质学科得到国家“九五”和“十五”“211”工程支持和教育部“教育振兴行动计划（985）”支持，2000年被评为上海市“重中之重”学科，2002年被评为国家重点学科，2006年建成海洋地质国家重点实验室。
本院拥有以中科院院士汪品先教授和马在田教授为带头人的优秀学科梯队，现有“同济特聘”教授多人，国家杰出青年基金获得者1人，各部委跨世纪与新世纪人才计划入选者多人；学院现有教授33名，其中博士生导师31名，副教授13名。
海洋与地球科学学院学术方向以海洋及相邻陆区的环境和资源为总目标，坚持和发展海洋与陆地，古代与现代，地质与地球物理、地球化学、观测、实验和模拟相结合的特色，探索和发展海洋及相邻陆区资源、环境定量研究中的新思路、新途径和新方法，使本学科成为以海陆结合为特色、与国际海洋地质学科前沿接轨的培养高层次人才的基地，成为中国海及西大平洋边缘海古环境及综合地球物理研究的中心之一。
本院的科研工作主要依托海洋地质教育部重点实验室。该实验室拥有大型仪器十余套，包括XRF岩心扫描仪器、稳定同位素比质谱仪、环境扫描电镜、电感耦合等离子质谱仪、气相色谱-质谱联用仪、地球物理数据处理系统等。
本院目前承担国家“973”、“863”、自然科学基金重点项目等重要科研项目。1999年以汪品先院士为首席科学家的南海大洋钻探计划的成功实施，使同济大学的深海研究跻身国际先进行列。